Фармакофор

Фармакофор је апстрактни опис молекулских особина које су неопходне за молекулско препознавање лиганда од стране биолошких макромолекула. IUPAC дефинише фармакофор као „ансамбл стерних и електронских особина које су неопходне како би се осигурала оптимална супрамолекулска интеракција са специфичним биолошким циљем и иницирала активација (или блокада) његовог биолошког одговора“.^[1]

Фармакофоре је успоставио Лемонт Киер, који је први поменуо овај концепт 1967^[2], и накнадно га користио у књизи о теоријским аспектима развоја лекова.^[3] Развој овог концепта се често погрешно приписује Полу Ерлиху^[4], мада га он у свом раду није користио.^[5]

У модерној рачунарској хемији, фармакофори се користе за дефинисање есенцијалних особина једног или више молекула са истом биолошким дејством. Базе података с великим бројем хемијских једињења се затим могу претраживати да би се нашли додатни молекули који поседују исту групу особина лоцираних на сличном међусобном растојању, усмерених у приближно истом правцу, и са сличним свеукупним обликом молекула.

Типичне фармакофорне особине су хидрофобност, ароматичност, прималац водоничне везе, давалац водоничне везе, катјон, и ањон. Ове особине морају да се преклопе са различитим хемијским групама сличних особина, да би се идентификовали нови лиганди. Интеракције рецепторских лиганда су типично „поларно позитивне“, „поларно негативне“ или „хидрофобне“. Добро дефинисан фармакофорни модел садржи хидрофобне просторе и векторе водоничних веза.

Види још

Reference

^ Wermuth, C.G.; Ganellin, C.R.; Lindberg, P.; Mitscher, L.A. (1998). „Glossary of terms used in medicinal chemistry”. Pure Appl. Chem. International Union of Pure and Applied Chemistry.
^ L.B. Kier (1967). „Molecular Orbital Calculation of Preferred Conformations of Acetylcholine, Muscarine, and Muscarone”. Molecular Pharmacology. 3: 487—494. PMID 6052710.
^ L.B. Kier (1971). MO Theory in Drug Research. New York: Academic Press. стр. 164—169.
^ P. Ehrlich (1909). „Über den jetzigen Stand der Chemotherapie”. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 42: 17—47.
^ J.H. van Drie (2007). „Monty Kier and the Origin of the Pharmacophore Concept”. Internet Electronic Journal of Molecular Design. 6: 271—279.

Literatura

Dodatana literatura

Gner, Osman F. (2000). Pharmacophore perception, development, and use in drug design. La Jolla, Calif: International University Line.
Gerd Folkers; Thierry Langer; Remy D. Hoffmann; Raimund Mannhold; Hugo Kubinyi (2006). Pharmacophores and Pharmacophore Searches (Methods and Principles in Medicinal Chemistry). Chichester: John Wiley & Sons.
L.B. Kier (1971). MO Theory in Drug Research. New York: Academic Press. стр. 164—169.

Spoljašnje veze

Postoji više računarskih programa koji omogućavaju definisanje farmakofora koristeći niz metoda računarske hemije. Neki od njih su:

Discovery Studio Архивирано на сајту Wayback Machine (12. децембар 2010)
LigandScout
Phase
MOE

[IUPAC_definition-1] Wermuth, C.G.; Ganellin, C.R.; Lindberg, P.; Mitscher, L.A. (1998). „Glossary of terms used in medicinal chemistry”. Pure Appl. Chem. International Union of Pure and Applied Chemistry.

[2] L.B. Kier (1967). „Molecular Orbital Calculation of Preferred Conformations of Acetylcholine, Muscarine, and Muscarone”. Molecular Pharmacology. 3: 487—494. PMID 6052710.

[3] L.B. Kier (1971). MO Theory in Drug Research. New York: Academic Press. стр. 164—169.

[4] P. Ehrlich (1909). „Über den jetzigen Stand der Chemotherapie”. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 42: 17—47.

[5] J.H. van Drie (2007). „Monty Kier and the Origin of the Pharmacophore Concept”. Internet Electronic Journal of Molecular Design. 6: 271—279.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]