Хомологно моделовање
Хомологно моделовање, такође познато као компаративно моделовање протеина, је рачунарска изградња модела протеина са атомском резолуцијом почевши од аминокиселинских секвенци, и од експерименталне тродимензионалне структуре сродног хомогеног протеин ("шаблона").
Хомологно моделовање се ослања на идентификацији једне или више познатих протеинских структура за које се сматра да наликују моделованој структури, и на прављењу поравнања које мапира остатаке упитне секвенце на остатаке секвенцу шаблона. Показано је да су протеинске структуре у већој мери очуване него што бе се очекивало из секвенци хомологних протеина. Секвенце са мање од 20% сличности секвенци могу да имају веома различите структуре.[1][2]
Протеинске структуре су у већој мери конзервиране од ДНА секвенци, и стога мерљиве нивои сличности секвенци обично подразумевају знатну структурну сличност.[3]
Квалитет хомологних модела зависи од квалитета поравнања секвенци и протеинског шаблона. Приступ може бити компликован присуством празнине у поравнавању који указују на структурни регион присутан у циљном протеину, али не у шаблону, као и структурним празнинама у шаблону који произлазе из лоше резолуције кристалне структуре. Квалитет модела опада са смањењем идентитета секвенци. Типичан модел има ~1-2 Å одступање између поравнатих Cα атома на 70% идентитета секвенци, али одступање 2-4 Å на 25% идентитета секвенци. Међутим, грешке су значајно више у регионима петљи, где аминокиселинске секвенце протеина циља и шаблона могу бити потпуно другачије.
Види још[уреди | уреди извор]
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Цхотхиа C, Леск АМ (1986). „Тхе релатион бетwеен тхе дивергенце оф сеqуенце анд струцтуре ин протеинс”. Тхе ЕМБО Јоурнал. 5 (4): 823—6. ПМЦ 1166865
. ПМИД 3709526.
- ^ Кацзаноwски С & Зиеленкиеwицз П (2010). „Wхy симилар протеин сеqуенцес енцоде симилар тхрее-дименсионал струцтурес?”. Тхеоретицал Цхемистрy Аццоунтс. 125: 543—50.
- ^ Мартí-Реном МА, Стуарт АЦ, Фисер А, Сáнцхез Р, Мело Ф, Сали А (2000). „Цомпаративе протеин струцтуре моделинг оф генес анд геномес”. Аннуал Ревиеw оф Биопхyсицс анд Биомолецулар Струцтуре. 29: 291—325. ПМИД 10940251. дои:10.1146/аннурев.биопхyс.29.1.291.
