Железничар се 2009. фузионисао са ФК Инон, клубом који је основан 2002. године и који је те 2009. испао из Српске лиге Запад у Зону Дунав, па је Железничар прескочио један ранг (исте сезоне се пласирао у виши ранг) и од сезоне 2009/10. заиграо у Зони Дунав. Инон је одиграо укупно шест сезона у Српској лиги Запад. Клуб је прве две сезоне након фузије носио назив ФК Железничар Инон, а од 2011. поново је само ФК Железничар. Највећи успех клуба након окончане фузије са ФК Инон је освајање 1. места у Браничевској окружној лиги у сезони 2012/2013. и пласман у тадашњу Зону Дунав у којој се ФК Железничар такмичио наредне две сезоне и у првој сезони освојио 3. место, док је у сезони 2014/2015. испао у Браничевску окружну лигу након одустајања од такмичења у Зони Дунав за наредну сезону. У јесен 2018. године после извесног периода су поново основане млађе селекције које се и данас такмиче у лигама под окриљем Фудбалског савеза Браничевског округа и Фудбалског савеза региона западне Србије.
