BacDive
 | |
|---|---|
| Садржај | |
| Опис | информације о сојевима бактерија и археја |
| Типови бележених података | метаподаци |
| Контакт | |
| Истраживачки центар | Лајбницов институт DSMZ — Немачка колекција микроорганизама и ћелијских структура GmbH |
| Примарни извор | PMID 26424852 |
| Датум покретања | 2012.. |
| Приступ | |
| Веб-сајт | http://bacdive.dsmz.de/ |
| Веб-сервис | http://bacdive.dsmz.de/api/ |
BacDive (Bacterial Diversity Metadatabase) мета је база података бактерија која пружа информације о биодиверзитету бактерија и археја.
Опис
[уреди | уреди извор]BacDive је извор разних врста метаподатака, као што је таксономија, морфологија, физиологија, окружење и молекуларна биологија бактерија.[1][2][3][4][5] Већина података се ручно обележава и одржава. Верзија од септембра 2015. пружала је информације за око 54.000 сојева.[6] Базу података хостује Лајбницов институт DSMZ — Немачка колекција микроорганизама и ћелијских структура GmbH и припада de.NBI — Немачкој мрежи биоинформатичке инфраструктуре.
Садржај и одлике
[уреди | уреди извор]База података
[уреди | уреди извор]Септембра 2015. база података је имала 233 различита поља за унос података, подељена у категорије „Име и таксономска класификација”, „Морфологија и физиологија”, „Култура и услови раста”, „Изолација, узорци и информације о окружењу”, „Апликација и интеракција”, „Молекуларна биологија” и „Доступност соја”. База података је имала око 300.000 уноса, повезаних са одговарајућим сојем и референцом.[6] Подаци се преузимају из унутрашњих описа збирки култура бактерија, зборника које су саставили експерти и примарне научне литературе.
Приступ подацима
[уреди | уреди извор]Подацима се може приступити или преко GUI-ја или преко веб-сервиса RESTful. Користећи GUI кориснички интерфејс корисник може одабрати између једноставне претраге основних поља као што је таксономија или унос ID-а, или пак користити напредну претрагу у којој је омогућен преглед 35 поља за податке и комплексна претрага комбиновањем неколико поља. Подаци се могу преузети у формату PDF (за поједине сојеве) или CSV формати за веће сетове података (за вишеструке сојеве). Преко веб-сервисног портала Архивирано на сајту Wayback Machine (17. септембар 2016) доступан је не само садржај сајта BacDive већ и референтна листа Prokaryotic Nomenclature Up-To-Date.
Остале базе података
[уреди | уреди извор]За податке који су ван фокуса сајта BacDive, пружене су везе до других база података на којима је могуће пронаћи повезане податке о сојевима:
- SILVA
- BRENDA
- PANGAEA
- Straininfo.net Архивирано на сајту Wayback Machine (23. јануар 2017)
- GBIF
- EBI
- NCBI
Референце
[уреди | уреди извор]- ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13. 10. 2013). „BacDive – The Bacterial Diversity Metadatabase”. Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D592—D599. doi:10.1093/nar/gkt1058.
- ^ Fernández-Suárez, X. M.; Rigden, D. J.; Galperin, M. Y. (5. 12. 2013). „The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection”. Nucleic Acids Research. 42: D1—D6. PMC 3965027
. PMID 24316579. doi:10.1093/nar/gkt1282.
- ^ Cohan lab (23. 10. 2015). „DSMZ’s BacDive Bacterial Diversity Database”.
- ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. стр. 448.
- ^ Zhulin, I. B. (1. 8. 2015). „Databases for Microbiologists”. Journal of Bacteriology. 197 (15): 2458—2467. doi:10.1128/JB.00330-15.
- ^ а б Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30. 9. 2015). „BacDive – The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016”. Nucleic Acids Research. 44 (Database issue): D581—D585. PMC 4702946 . PMID 26424852. doi:10.1093/nar/gkv983.
Спољашње везе
[уреди | уреди извор]- Једноставна претрага на BacDive
- Напредна претрага на BacDive
- Веб-сервис BacDive Архивирано на сајту Wayback Machine (17. септембар 2016)