PDBsum
 | |
|---|---|
| Kontent | |
| Opis | Pregled struktura sadržanih u Proteinskoj banci podataka |
| Tipovi podataka | Protein structures |
| Organizam | all |
| Kontakt | |
| Istraživački centar | EBI |
| Autori | Roman Laskovski |
| Primarni citat | PMID 9433130 |
| Pristup | |
| Veb stranica | PDBsumn |
| Alati | |
| Razno | |
| Obeležavajuća etiketa | da |
PDBsum je baza podataka koja daje pregled sadržaja svoj 3D makromolekulskih struktura deponovanih u Proteinskoj banci podataka.[1][2][3][4]
Svaka struktura u PDBsum bazi podataka uključuje sliku strukture, molekulske komponente sadržane u kompleksu, reakcioni dijagram enzima (po potrebi), ontologiju gena funkcionalne anotacije, Pfam anotaciju 1D sekvence i InterPro klasifikaciju domena, opis vezanih molekula, grafik koji prikazuje interakcije između proteina i sekundarne strukture, šematske dijagrame protein-protein interakcija, analizu otvora prisutnih unutar strukture i veze ka spoljašnjim bazama podataka.
Reference
[уреди | уреди извор]- ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (1997). „PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures”. Trends Biochem. Sci. 22 (12): 488—90. PMID 9433130.
- ^ Laskowski, RA (2001). „PDBsum: summaries and analyses of PDB structures”. Nucleic Acids Res. 29 (1): 221—2. PMC 29784
. PMID 11125097. doi:10.1093/nar/29.1.221.
- ^ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (2005). „PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D266—8. PMC 539955 . PMID 15608193. doi:10.1093/nar/gki001.
- ^ Laskowski, RA (2009). „PDBsum new things”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D355—9. PMC 2686501 . PMID 18996896. doi:10.1093/nar/gkn860.
Vidi još
[уреди | уреди извор]Spoljašnje veze
[уреди | уреди извор]- Laskowski RA, Thornton JM. „PDBsum home page”. European Bioinformatics Institute.