Садашња административна подела Босне и Херцеговине је договорена у оквиру устава који чини Анекс 4 Општег оквирног споразума за мир, закљученог на Дејтонској мировној конференцији у новембру 1995, а потом потписан у Паризу14. децембра 1995. Кључна компонента устава је повлачење међуентитетске линије разграничења, на који се односе многи други задаци из других анекса.
Дејтонски преговори су први случај у којима је коришћена тродимензионална сателитска технологија и дигитална картографија, да би се одредиле границе у званичном споразуму. Због брзине и интензитета преговора (посебно при крају), низ састанака комисија за међуентитетску линију разграничења се одржао током првих 6 месеци мисије ИФОР, да би се разрешили детаљи на неким деловима линије (нарочито у Сарајеву). Више од 40 промена међуентитетске линије разграничења су договорене на састанцима које је водио генерал Мајкл Вилкокс. Промене је одобрио заповедник ИФОР-а, адмирал Лејтон В. Смит, у јулу 1996.
Данас међуентитетску линију разграничења између Републике Српске и Федерације Босне и Херцеговине више не контролишу војска и полиција, нити постоје граничне контроле.
Уставни суд Босне и Херцеговине је, у својој првој парцијалној одлуци број U 5/98, одлучио о питању да ли Устав Републике Српске у свом тексту може да користи реч „граница“ уместо „гранична линија“. Суд је изјавио:
Одредба Устава РС, који се односи на „границу“ између Републике Српске и Федерације БиХ, није у сагласности са Уставом БиХ (члан III Општег оквирног споразума за мир у Босни и Херцеговини говори о „граничној линији“ између два ентитета, док члан X користи термин „граница“ у смислу граница између држава).
Због тога је Устав Републике Српске морао да се мења, што је учињено са Амандманом број LXVIII, који је променио реч „граница“ у „међуентитетска линија разграничења“ у амандману LV параграфу 2 става 2 Устава Републике Српске.[1]
Општине подељене међуентитетском линијом разграничења
новоформиране општине су означене подебљаним словима
У време потписивања Дејтонског споразума, општина Брчко је такође подељена између ФБиХ и РС, али је касније претворена у дистрикт Брчко, који повезује Тузлански кантон са Посавским кантоном у Федерацији БиХ, односно, општине Пелагићево и Доњи Жабар са општинама Лопаре и Бијељина у Републици Српској.
