Стекинг (хемија)
У хемији, пи стакинг (π–π стекинг) је привлачна, нековалентна интеракција између ароматичних прстенова. Те интеракције су важне у везивању нуклеобаза унутар ДНК и РНК молекула, протеинском савијању, шаблоном усмереној синтези, науци о материјалима, и молекулском препознавању. Упркос интензивног експерименталног и теоретског изучавања ове форме везивања, не постоји јединствени опис фактора који доприносе интеракцијама пи стекинга.
Евиденција за пи стакинг
[уреди | уреди извор]Бензенски димер је прототипни систем за изучавање пи стекинга. Експериментално одређена јачина везе је 8–12 kJ/mol (2–3 kcal/mol) у гасној фази са разтојањем од 4.96 Å између центера масе. Ово растојање је изван ван дер Валсовог радијуса. Мала енергија везивања отежава експериментално изучавање бензенског димера. Овај димер је стабилан само на никим температурама и склон је формирању кластера.[1]
Други докази за постојање пи стекинга произилазе из кристалографких структура. Нормалне и паралелне конфигурације се могу приметити у кристалним структурама многих једноставних ароматичних једињења.[1] Сличне геометријске структуре су приметне у кристалогравским снимцима протеина при високој резолуцији. Анализа ароматичних аминокиселина фенилаланина, тирозина, хистидина, и триптофана индицирају да димери тих бочних ланаца имају мноштво могућих стабилизујућих интеракција на растојањима већим од просечних ван дер Валсових радијуса.[2]
Референце
[уреди | уреди извор]- ^ а б Синнокрот, МО; Валеев, ЕФ; Схеррилл, CD (2002). „Естиматес оф тхе аб инитио лимит фор пи-пи интерацтионс: Тхе бензене димер”. Ј. Ам. Цхем. Соц. 124 (36): 10887—10893. ПМИД 12207544. дои:10.1021/ја025896х.
- ^ МцГаугхеy, ГБ; Гагнé, M; Раппé, АК (1998). „Пи-Стацкинг интерацтионс. Аливе анд wелл ин протеинс”. Ј. Биол. Цхем. 273 (25): 15458—15463. ПМИД 9624131. дои:10.1074/јбц.273.25.15458.
Види још
[уреди | уреди извор]Спољашње везе
[уреди | уреди извор]- The physical basis of nucleic acid base stacking in water. Архивирано на сајту Wayback Machine (30. јун 2019)