UEFA Liga šampiona 2006/07. je 52 sezona održavanja ovog najvažnijeg klupskog takmičenja UEFA saveza, a 15 sezona od reorganizacije ovog takmičenja i promene naziva u UEFA Liga šampiona.
Sedamdeset tri kluba je učestvovalo u UEFA Ligi šampiona 2006/07. iz 50 država članica UEFA saveza. Svaka država daje određeni broj predstavnika u Ligi šampiona na osnovu koeficijenata lige; savez sa većim koeficijentom daje veći broj predstavnika nego savez sa manjim koeficijentom, ali ni jedan savez ne može predstavljati više od četiri kluba. Svi fudbalski savezi imaju bar jednog predstavnika u kvalifikacijama, sem Lihtenštajna, čiji se klubovi takmiče u švajcarskim ligama, ali nema tim u Superligi Švajcarske.
Savezi 1-3 (Španija, Engleska i Italija): 4 predstavnika
Savezi 4-6 (Francuska, Nemačka i Portugal): 3 predstavnika
Savezi 7-15: 2 predstavnika
Savezi 16-50: 1 predstavnika
Fudbalski savezi San Marina i Andore nisu imali predstavnika u kvalifikacijama za Ligu šampiona
Prvo kolo kvalifikacija: (24 predstavnika)
24 šampiona iz saveza 26–50 (ne uključujući Lihtenštajn)
Drugo kolo kvalifikacija: (28 predstavnika)
12 pobednika prvog kola kvalifikacija
10 šampiona iz saveza 16-25
6 vicešampiona iz saveza 10-15
Treće kolo kvalifikacija: (32 tima)
14 pobednika iz drugog kola kvalifikacija
6 šampiona iz sazveza 10-15 (Škotska, Turska, Češka, Rusija, Austrija i Ukrajina)
3 vicešampiona iz saveza 7-9 (Holandija, Grčka i Belgija)
* Zbog oružanih sukoba u Izrealu UEFA je donela odluku da se ova utakmica igra na neutralnom terenu. Utakmica je odigrana na stadionu Valeri Lobanovski u Kijevu.
Prve dve ekipe iz svake grupe su se plasirale u osminu finala, dok su trećeplasirane ekipe nastavile takmičenje u šesnestini finla UEFA kupa. Prema paragrafu 4.05 u UEFA pravilima za tu sezonu, ukoliko dve ili više ekipa imaju isti broj bodova po završetku takmičenja po grupama, njihov redosled se određuje na osnovu sledećih pravila:
veći broj bodova osvojen u međusobnim susretima;
bolja gol-razlika ostvaena u međusobnim susretima;
veći broj golova postignut na gostovanju u međusobnim susretima;
bolja gol-razlika iz svih odigranih utakmica grupne faze;
veći broj postignutih golova u svim utakmicama grupne faze;
veći koeficijent koji je ostvario klub, kao i fudbalski savez kome klub pripada u prethonih 5 sezona.