Прва лига СР Југославије у фудбалу у сезони 1999/00. је било осмо такмичење организовано под овим именом од стране Фудбалског савеза СР Југославије.
Ове сезоне се у лиги такмичило укупно 21 екипа, требало је да учествује 22, али се ФК Приштина повукла из такмичења.
Из лиге је на крају сезоне требало да испадне 6 клубова, јер се лига у следећој сезони смањивала на 18 клубова, али је испало само 5, јер је ФК Београд, који је требало из Друге лиге да уђе у Прву, одустао од такмичења па је Сартид, који је требало да испадне јер је завршио на 16. месту, преузео његово место.
Најбољи стрелац првенства је био Матеја Кежман (Партизан), који је постигао 27 голова и најбоље оцењени фудбалер лиге са просеком 7,50.
Ову сезону је обележио трагичан догађај који се десио 30. октобра1999. на 113. вечитом дербију између Црвене звезде и Партизана, када је погинуо седамнаестогодишњи Александар „Аца“ Радовић из Опова, ученик трећег разреда Прве београдске гимназије. Он је убијен на северној трибини стадиона Партизана сигналном ракетом која је испаљена са супротне, јужне трибине, у двадесетом минуту меча. Утакмица и поред тога није била прекинута, па је та одлука довела до много јавних критика према два клуба и Фудбалском савезу СРЈ.[1]
^Новине "СПОРТ" Југословенски спортски лист, 22. и 23. маја 2000. година LV, број 15.257 и 15.258, страна 4. Народна библиотека Србије сигнатура 2232/п, новинар Славољуб Новковић