Prva liga SR Jugoslavije u fudbalu u sezoni 1999/00. je bilo osmo takmičenje organizovano pod ovim imenom od strane Fudbalskog saveza SR Jugoslavije.
Ove sezone se u ligi takmičilo ukupno 21 ekipa, trebalo je da učestvuje 22, ali se FK Priština povukla iz takmičenja.
Iz lige je na kraju sezone trebalo da ispadne 6 klubova, jer se liga u sledećoj sezoni smanjivala na 18 klubova, ali je ispalo samo 5, jer je FK Beograd, koji je trebalo iz Druge lige da uđe u Prvu, odustao od takmičenja pa je Sartid, koji je trebalo da ispadne jer je završio na 16. mestu, preuzeo njegovo mesto.
Najbolji strelac prvenstva je bio Mateja Kežman (Partizan), koji je postigao 27 golova i najbolje ocenjeni fudbaler lige sa prosekom 7,50.
Ovu sezonu je obeležio tragičan događaj koji se desio 30. oktobra1999. na 113. večitom derbiju između Crvene zvezde i Partizana, kada je poginuo sedamnaestogodišnji Aleksandar „Aca“ Radović iz Opova, učenik trećeg razreda Prve beogradske gimnazije. On je ubijen na severnoj tribini stadiona Partizana signalnom raketom koja je ispaljena sa suprotne, južne tribine, u dvadesetom minutu meča. Utakmica i pored toga nije bila prekinuta, pa je ta odluka dovela do mnogo javnih kritika prema dva kluba i Fudbalskom savezu SRJ.[1]
^Novine "SPORT" Jugoslovenski sportski list, 22. i 23. maja 2000. godina LV, broj 15.257 i 15.258, strana 4. Narodna biblioteka Srbije signatura 2232/p, novinar Slavoljub Novković